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利用微生物新陳代謝功能，使污水中呈溶解和膠體狀態的有機污染物被降解并轉化為無害的物質，使污水得以凈化。在城鎮污水二級處理工藝中，一般以活性污泥法為主，尤其是日處理能力在20萬m3以上的情況下。

生物法處理污水則花費低，耗能低，同時處理效率高，出水質好，管理簡單，不會對環境產生二次污染。生物法通常利用各種微生物的新陳代謝及種群間的相互作用而使污水得到凈化的過程。農村生活污水富含有機物，化學污染物相對較低，特別適合于微生物的生長和作用。